मॉलिक्युलर बीम एपिटॅक्सी उच्च व्हॅक्यूम किंवा अति-उच्च व्हॅक्यूम (1 x 10) मध्ये पार पाडण्यात आली.^-8मॉलिक्युलर बीम एपिटॅक्सीचा सर्वात महत्त्वाचा पैलू म्हणजे त्याचा कमी निक्षेपण दर, ज्यामुळे सामान्यतः फिल्मची एपिटॅक्सियल वाढ प्रति तास ३००० एनएम पेक्षा कमी दराने होते. अशा कमी निक्षेपण दरासाठी, इतर निक्षेपण पद्धतींसारखीच स्वच्छता पातळी गाठण्याकरिता पुरेशा उच्च व्हॅक्यूमची आवश्यकता असते.

वर वर्णन केलेली अति-उच्च निर्वात स्थिती निर्माण करण्यासाठी, MBE उपकरणामध्ये (नडसेन सेल) एक शीतकरण थर असतो आणि ग्रोथ चेंबरमधील अति-उच्च निर्वात वातावरण द्रव नायट्रोजन परिसंचरण प्रणाली वापरून टिकवून ठेवणे आवश्यक असते. द्रव नायट्रोजन उपकरणाचे अंतर्गत तापमान ७७ केल्विन (-१९६°C) पर्यंत थंड करतो. कमी तापमानाचे वातावरण निर्वात स्थितीतील अशुद्धींचे प्रमाण आणखी कमी करू शकते आणि पातळ थरांच्या निक्षेपणासाठी अधिक चांगल्या परिस्थिती प्रदान करते. त्यामुळे, MBE उपकरणाला -१९६°C द्रव नायट्रोजनचा सतत आणि स्थिर पुरवठा करण्यासाठी एका विशेष द्रव नायट्रोजन शीतकरण परिसंचरण प्रणालीची आवश्यकता असते.